智能設計假說在二十世紀被看成是試圖改變科學基礎、顛覆進化論的現代神學變形。菲力普·約翰遜(Phillip E. Johnson)是智能設計假說運動之父,他説這個運動的目標是,把創造論鑄造成科學概念。智能設計假說運動是在基督教智囊團體發現研究院(Discovery Institute)的指導下,有組織的新創造論活動,目的是推動宗教日程,呼籲在美國的公共領域進行廣泛的社會、學術和政治變革。這個運動的總體目標是,「擊敗以進化論為代表的唯物主義世界觀」,令科學與基督教和神學信仰相和諧。智能設計假說的所有重要支持者都是發現研究院和旗下的科學與文化中心的成員。幾乎所有的智能設計假說概念和相關運動都由發現研究院指導整個運動和運用鍥入策略,並且主導相關的教導爭議(Teach the Controversy)行動。
因此,截至目前智能設計仍被視為一種偽科學,甚至一些宗教組織和個人從神學或道德立場發出反對意見。許多宗教界人士不贊同教授非科學或有疑問的理論,轉而支持與科學理論不衝突的有神論進化論。例如「自然界具有目的性和設計」,然而對於「科學理論範圍內的進化論」不難理解。目前,天主教已於達爾文誕生200周年紀念與達爾文和解。在奇茲米勒對多佛學區案中,美國聯邦法院判決,根據美國憲法第一修正案,「在公立學校的科學課程裏,把智能設計論作為像進化論一樣可選擇的理論」這一訴求違憲。法官John E. Jones III指智能設計假說不是科學,實質上是宗教。