棉籽油（cottonseed oil）是一種從棉花屬植物種子提煉的食用油，主要來源為陸地棉和草棉，其植種用途在取得棉纖維、作動物飼料、以及榨油^[1]。

棉籽與其他油籽（如葵花子）有類似的結構，由硬殼包覆著含油內核（種子）。棉籽油使用在沙拉油、沙拉醬、美乃滋^[2]、或洋芋片等零食，因為它味道安定，不會掩蓋原味，遇熱不易起油煙^[3]

棉籽油一般含70％的不飽和脂肪酸（18％的單元不飽和，52％的多元不飽和）、26％的飽和脂肪酸。完全氫化時則是94％的飽和脂肪酸和2％的不飽和脂肪酸（1.5％的單元不飽和，0.5％的多元不飽和）^[4]。

棉花及錦葵科植物（如秋葵）會產生出一種具有毒性的黃色多酚類化合物——棉酚^[5]。這種天然的有色化合物能夠從棉花植物的種、葉、莖、根、以及主根樹皮內的微小腺體中發現，尤其種子含量最多^[6]。化合物的適應功能有利於抵禦蟲害或病菌侵襲。精煉食用棉籽油需要經過脫膠、脫酸、脫蠟、脫色、脫臭等加工程序以提升去除棉酚的水準。未精煉的棉籽油含有高量棉酚，不能作為食用油使用。氯化鐵經常用來將棉籽油脫色。

美國Integrative medicine的安德魯·威爾博士（Dr.Andrew Weil）在他的熱門網站上指出，「視棉籽油為不健康的產品，因為它有過高的飽和脂肪酸而不飽和脂肪酸太低」，棉籽油可能會含有天然毒素，可能有農藥殘留（棉不列為糧食作物，農民在生長過程中使用了很多農藥）。然而， 美國聯邦法規（CFR）將棉籽列為其他糧食作物，訂有最高農藥殘留量的標準。此外，天然毒素棉酚會在提煉過程中除去，聯合國糧農組織（FAO）的紀錄上棉籽和棉籽油未有明顯的殘留。至2011年棉花為種植面積世界第三大的基因改造作物：大豆47％、生技玉米32％、生技棉花15％、生技油菜5％。棉籽油為美國消費量第三大的食用油^[21]。

棉酚具生殖毒性，導致男性睪丸萎縮、精蟲數量及活動力減少；女性經期混亂、子宮縮小、卵巢萎縮。雖然現在的油脂純化技術可去除大部分的棉酚，但多少還會殘留。精煉後的棉籽油，棉酚含量為0.1％至0.2％。在1970、80年代，中國大陸、非洲、巴西等國，曾用棉酚作為男性避孕藥，但到了1998年世界衛生組織認為棉酚用於男性避孕會造成不可逆現象，就算停用也無法回復精蟲數量，因此禁用^[23]。

2011年德州農工大學研究團隊在《美國國家科學院院刊》（PNAS）上發表，利用RNAi技術將棉籽所含的棉酚除去98％，可望為上億人口提供新的蛋白質來源與進一步提升棉籽油安全性。